Puella Magi Madoka Magica the Movie Part 1: Beginnings เด็กสาวมัธยมต้น คานาเมะ มาโดกะ และเพื่อนสนิท มิกิ ซายากะ ได้พบกับสิ่งมีชีวิตลึกลับชื่อ คิวเบย์ ซึ่งเสนอที่จะทำให้พรของพวกเธอเป็นจริงหนึ่งข้อ แลกกับการทำพันธสัญญาเพื่อกลายเป็น "สาวน้อยเวทมนตร์" หน้าที่ของพวกเธอคือการต่อสู้กับ "แม่มด" ที่คอยทำร้ายมนุษย์ พวกเธอได้รู้จักกับ โทโมเอะ มามิ สาวน้อยเวทมนตร์รุ่นพี่ที่คอยช่วยเหลือ และ อาเคมิ โฮมุระ นักเรียนย้ายมาใหม่ผู้ลึกลับที่พยายามขัดขวางไม่ให้มาโดกะทำสัญญาเด็ดขาด ในภาคนี้จะเล่าไปจนถึงจุดที่มาโดกะและซายากะได้เรียนรู้ความจริงว่า การเป็นสาวน้อยเวทมนตร์นั้นไม่ได้สวยงามและเต็มไปด้วยโศกนาฏกรรมที่พวกเธอไม่คาดคิด Puella Magi Madoka Magica the Movie Part 2: Eternal เรื่องราวสานต่อจากความสูญเสียในภาคแรก ความจริงอันโหดร้ายของระบบสาวน้อยเวทมนตร์ได้ถูกเปิดเผยว่า เมื่อ "โซลเจม" (แหล่งพลังเวทและวิญญาณของพวกเธอ) ขุ่นมัวจนถึงขีดสุดจากความสิ้นหวัง สาวน้อยเวทมนตร์จะกลายสภาพเป็น "แม่มด" เสียเอง ซายากะต้องเผชิญกับความมืดมิดในจิตใจจนนำไปสู่จุดจบที่น่าเศร้า ในขณะเดียวกัน อดีตของโฮมุระก็ถูกเปิดเผย ว่าแท้จริงแล้วเธอคือผู้ท่องเวลาที่ย้อนกลับมาซ้ำแล้วซ้ำเล่าเพื่อพยายามช่วยชีวิตมาโดกะ ท้ายที่สุด เมื่อต้องเผชิญหน้ากับสุดยอดแม่มด "วาลพัวร์กิสไนต์" มาโดกะจึงตัดสินใจขอพรที่ยิ่งใหญ่ที่สุดเพื่อลบล้างความสิ้นหวัง และเปลี่ยนแปลงกฎเกณฑ์ของจักรวาลไปตลอดกาล